2006年1月9日，在北京人民大会堂召开的全国科学技术大会上，吴孟超获得了2005年度国家最高科学技术奖。“建设创新型国家”的号召，让耄耋之年的吴孟超再一次热血沸腾。
“党和军队培养了我，我要为人民服务”
“从1956年到2006年，作为一个军队科技工作者代表，我亲身感受了党和国家对科技发展的殷切期望，对知识分子的亲切关怀。”吴孟超说，“我没有理由懈怠，还要不断努力。”
2006年全国科学技术大会闭幕后，从北京回到上海，吴孟超把国家奖励给他的500万元奖金和解放军总后勤部奖励给他的100万元，全部拿出来用于他深爱的肝脏外科研究事业。
吴孟超对记者说，“我所有的知识和荣誉都是党和军队给予的，而我回报祖国和人民的还太少太少。我们还有很多事要做。”
为了早日攻克肝癌及相关肝脏疾病，2006年初，吴孟超联合王红阳、顾健人等6名院士，向国家呈送了“开展集成式肝癌研究”的报告。“研究和攻克肝癌问题，要进行‘集团会战’，不但要注重临床治疗和基础研究相结合，还要注重行业内和行业间的结合。”吴孟超说，“只有这样才能事半功倍。”
卫生部将肝病研究纳入了“十一五”重大传染病专项，吴孟超带领学生承担了其中的3项重大课题。吴老的老伴说，为了完成这3项课题，老头子身体就像“铁打的”，学生们直说吴老太神奇了。
2009年，国家批准在上海建立由吴孟超牵头的集国际领先性、不可替代性和高度开放性于一体的国家肝癌科学中心。秘书说起吴老时直掉眼泪：“吴老为了中心的事情，真是不要命了。”
吴孟超为什么还要如此拼命？一段对话让我们心中滚烫。
吴孟超兄妹7人，只有他在国内。他的名气最大，而他的钱最少。弟弟曾劝他说，“以你的医术，出国很快便是百万富翁。”
吴孟超摇了摇头说，“我不是为了钱，要想赚钱，在国内也能成富翁。问题是我不能照你说的那样做。”
“为什么呢？”
“第一，我1949年到军队医院后，才真正学到了技术，逐渐有一点成就。没有共产党，没有人民军队，就没有我的一切。这不是一句空话。党和军队培养了我，我要为人民服务，否则就是忘本。第二，钱财是身外之物，生不带来，死不带走。如果能给后人留下一个事业，留下一种精神，我才会感到真正的富有和欣慰。”
“他的成就令全球同行瞩目和敬佩”
在吴孟超还是第二军医大学长海医院肝胆外科主任时，建成世界一流的肝癌治疗和研究机构、成立专门的肝胆外科医院，就是他追求的梦想。
吴孟超深知，肝癌的基础研究和临床治疗就像人的“两条腿”，唯有将临床治疗和基础研究结合起来，齐步走，才能彻底解决肝癌这一困扰人类的世界难题。
“基础研究确实不像临床治疗那样立竿见影。但如果没有基础研究的推动，临床治疗就只能停留在手术上，我们就不能真正搞通导致肝癌的病因、病理，更不能找出彻底解决肝癌的办法。”吴孟超说。
为强化基础研究，医院先后成立了中德合作生物信号转导实验室、中美合作分子肿瘤实验室等基础研究基地，每年发表高质量论文30多篇，为肝癌病人早期诊治和综合治疗提供了科学依据，为肝癌手术临床治疗提供了可靠参考。同时，也培养出了王红阳、丛文铭、钱其军、卫立辛等国际知名研究型专家。
1996年1月29日，中央军委授予吴孟超“模范医学专家”荣誉称号命名大会在第二军医大学召开。老人激动地说，“我要站在新的起跑线上，早日建成有一定规模和特色优势的专科医院，为国家和军队培养更多的一流人才，为人类攻克肝癌这个难题再创新成绩、作出新贡献。要让中国肝胆外科站到世界前沿！”
1996年，第二军医大学上海东方肝胆外科医院和上海东方肝胆外科研究所成立。同一年，为了学科的健康快速发展，鼓励和表彰年轻科研人员多出成果，吴孟超用个人积蓄和社会各界捐赠的500万元，设立了吴孟超肝胆外科医学基金。这是我国首个肝脏外科领域的专项基金。目前，基金已发展为上海吴孟超医学科技基金会，总额达到1500万元，有26名在肝胆外科领域卓有成就的年轻学者获得基金资助。
进入21世纪，由吴孟超主持或组织实施的肝癌介入治疗、生物治疗、免疫治疗、病毒治疗等方法相继用于临床并取得重要突破。
几十年来，吴孟超和他的团队经过艰苦卓绝的拼搏，使肝脏外科手术死亡率降低为0.30%，肝癌术后5年总体生存率达到53.6%，小肝癌术后5年生存率更达到79.8%。
国际著名肝脏外科学家、国际肝胆胰协会前主席Jeseph Lou说，“吴教授对肝癌的基础研究和临床工作，在中国和国际都处于领先地位。他的成就令全球同行瞩目和敬佩。”
